Introdução à microbiologia clínica

Introdução à microbiologia clínica

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Introdução à microbiologia clínica e ao tratamento das doenças infecciosas

Eurico de Aguiar

Dedicatória

Aos meus pais, Jefferson e Iracema, que foram fundamentais para que pudesse me tornar o cidadão que sou.

Currículo resumido

Eurico de Aguiar é médico e especialista em Patologia Clínica pelo Conselho

Federal de Medicina.

Ex-estagiário da Seção de Vírus do Instituto Evandro Chagas, Belém, Pará. Especialista em Perícia Médica pela Fundação Unimed/Universidade Gama Filho. Pós-graduado em Microbiologia Clínica e Sanitária pela Universidade de Sevilha,

Espanha.

Responsável pelo Setor de Bacteriologia do Laboratório de Patologia Clínica do

Hospital Regional da Asa Sul, Brasília, Distrito Federal (1988-2007).

Ex-coordenador de Patologia Clínica e ex-coordenador de Controle de Infecção

Hospitalar da Secretaria de Saúde do Distrito Federal.

Ex-presidente da Comissão Central de Controle de Infecção Hospitalar do Distrito

Federal.

Docente fundador do Curso de Medicina da Escola Superior de Ciências da Saúde do Governo do Distrito Federal.

Diretor da Coordenação de Laboratório de Análises Clínicas do Departamento Médico da Cãmara dos Deputados (2002-2008).

Prefácio5
Coleta, transporte e semeadura de material6
Exames diretos17
Meios de cultura20
Identificação preliminar de culturas bacterianas e de fungos2
Taxonomia microbiana24
Identificação e teste de sensibilidade por equipamento automatizado26
Identificação manual dos microrganismos mais isolados32
Teste de sensibilidade manual52
Resultados que merecem reavaliação5
Avaliação da qualidade do ar interno56
Resistência bacteriana60
Principais grupos de antimicrobianos63
Considerações importantes sobre alguns antimicrobianos73
Princípios gerais de uso de antimicrobianos76
Septicemia82
Agentes antimicrobianos como início de terapia empírica89
Dosagens de alguns antimicrobianos de maior uso90
Bibliografia recomendada92

Prefácio

Durante vários anos procurei adotar uma metodologia que viesse facilitar o desenvolvimento dos trabalhos microbiológicos em um laboratório clínico. A bibliografia sobre o assunto é extensa, complexa e aplica, muitas vezes, procedimentos não acessíveis à maioria dos laboratórios do nosso país.

Preocupado com essa questão, procurei utilizar práticas que pudessem ser adotadas por diferentes tipos de condições de trabalho.

Reconheço que, ao menos em Brasília, as condições que dispomos nos laboratórios da rede pública são bastante razoáveis, se comparadas com outras cidades e regiões do país.

Trabalhamos com sistemas automatizados de realização de hemoculturas, além de sistemas automatizados de identificação e testes de sensibilidade bacteriana por microdiluição em caldo, com determinação de concentração inibitória mínima.

Isso, no entanto, não impede que laboratórios com condições mais simples não possam também desenvolver um trabalho de qualidade.

De 1988 até 2007 trabalhei no Hospital Regional da Asa Sul, hospital público de nível terciário dotado de 360 leitos e de clientela constituída principalmente por gestantes e crianças.

Além de responsável pelo setor de microbiologia do laboratório de patologia clínica, participei ainda como membro efetivo da comissão de controle de infecção hospitalar.

É possível constatar que temos considerável aproximação com outras áreas e especialidades, como as atividades desenvolvidas pelos infectologistas, assim como pelos clínicos e cirurgiões que lidam com doenças infecciosas.

Em conseqüência, surgiu a idéia de desenvolver um texto que também abordasse um pouco de um setor de tanta relevância na prática clínica e cirúrgica e que tem interface com o nosso trabalho diário, apesar de que, por muito tempo, os livros de texto separaram indevidamente as informações relativas à microbiologia das relativas às doenças infecciosas.

Coleta, transporte e semeadura de material

Como em todo exame de laboratório, as três etapas do processo (pré, per e pósanalítico) são importantes para que o produto, ou seja o resultado do exame seja adequado e compatível com as expectativas dos nossos clientes, médicos e pacientes.

Para que a primeira etapa seja realizada de forma correta temos primeiramente de abordar a coleta, o transporte e a semeadura das amostras.

Passos principais a serem seguidos para uma adequada coleta de amostras para exame microbiológico:

1. O material deve ser representativo do local da infecção, devendo-se evitar a contaminação com outras amostras de sítios adjacentes. 2. Seguir os tempos ótimos estabelecidos para obter a maior chance de recuperação dos microrganismos envolvidos, especialmente em relação às hemoculturas e outros materiais de maior importância clínica e diagnóstica. 3. Entregar a amostra ao laboratório no menor tempo possível. O ideal é um intervalo de, no máximo, 30 minutos entre a coleta e a semeadura da amostra. 4. Obter uma quantidade suficiente da amostra para poder realizar os testes solicitados pelo médico assistente. 5. Utilizar sempre o material mais adequado para a coleta e semeadura de cada tipo de amostra. 6. Quando necessário, utilizar o meio de transporte mais indicado para as espécies mais prováveis de serem isoladas. 7. Obter as amostras, preferencialmente, antes do uso de antimicrobianos. 8. Exames diretos devem ser realizados juntamente com as culturas, para melhor interpretação dos resultados. 9. Cada amostra deve ser sempre bem identificada. 10. O pessoal técnico deve ser imeditamente informado da entrega da amostra.

Desenvolvimento:

Sempre que possível devemos evitar a contaminação da amostra com a microbiota normal do organismo, de forma a assegurar que seja representativa da infecção.

Amostra colhida de um local com flora normal abundante (pele, membranas mucosas, fezes, etc.) pode interferir com a interpretação dos resultados de cultura e dificultar o encontro do agente responsável pelo quadro clínico.

Devemos ainda colher a amostra do sítio anatômico mais adequado para o tipo de infecção, usando a técnica mais adequada e os meios apropriados, evitando-se a contaminação com a microbiota adjacente ao sítio da infecção.

Além disso, a amostra deve ser colhida antes do início da terapia antimicrobiana, já que se essa regra não for seguida há riscos de um resultado falso negativo provocado pela ação “in vitro” dos medicamentos.

Lembrar sempre das características biológicas dos microrganismos mais prováveis de serem isolados de acordo com a suspeita clínica e o quadro apresentado pelo paciente.

Assim se suspeitamos de uma infecção por anaeróbios, deveremos colher a amostra em um recipiente adequado que atenda as condições de sobrevida dos germes envolvidos. Ou ainda quando há suspeita de um material conter bactérias do gênero Neisseria ou Haemophilus, que por não resistirem a baixas temperaturas e necessitarem de microaerofilia para se desenvolver, requerem cuidados especiais na hora de colher, transportar, semear e incubar.

Devemos lembrar também da importância de se colher volumes adequados de cada amostra. Isso é particularmente importante no caso das hemoculturas, em que a relação sangue/meio de cultura deve ser rigorosa.

O momento ideal da coleta é também outro ponto importante de ser lembrado. Nunca esquecer a identificação correta de cada amostra e pedido médico, que deve incluir o nome do paciente, nº da etiqueta, nº do prontuário, unidade de internação, data e hora da coleta, exames solicitados, indicação clínica, doença de base, informações sobre o uso de antimicrobianos e identificação legível do médico requisitante.

A amostra deve, sempre, ser coletada em um recipiente adequado, que além de permitir a sobrevida dos micróbios, impeça vazamentos ou contaminação da equipe de saúde.

Cada material deverá ser imediatamente encaminhado ao laboratório para ser processado.

Considerações sobre biossegurança:

-Toda amostra deve ser considerada como potencialmente patogênica. -A equipe de saúde deve utilizar equipamento de proteção individual adequado, como luvas, máscara, óculos de proteção e avental ou jaleco longo de mangas compridas.

-Antes de manusear cada amostra verificar se há vazamentos ou respingos. Se houver, fazer descontaminação com álcool a 70% ou outro germicida equivalente, como o hipoclorito de sódio a 0,5%. -Evitar a formação de aerossóis, especialmente ao trabalhar com semeadura de material.

-Utilizar ainda equipamento de proteção coletiva como cabine de segurança biológica, chuveiro de emergência, lava-olhos, extintor de incêndio, microincinerador de alça metálica ou uso de alça estéril descartável.

-Trabalhar em cabine de segurança biológica de risco biológico de acordo com os agentes envolvidos no trabalho diário.

-Há quatro níveis de segurança biológica. O laboratório de microbiologia do HRAS trabalha com segurança de nível 3, já que lida não só com os agentes patogênicos de nível moderado, como ainda com agentes causadores de infecções sistêmicas mais graves e letais (como o M. tuberculosis). Todas as barreiras de proteção individual devem ser utilizadas e toda manipulação deve ser feita em cabine de segurança biológica. O acesso ao laboratório deve ser controlado, assim como deve haver um sistema de ventilação especial.

-A cabine de segurança biológica deve ser dotada de filtro HEPA(filtro com eficiência de 9,9% para partículas de até 0,3 micra de diâmetro), e com abertura frontal, que protege o operador, o material e o meio ambiente.

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